Walaupun jarang terjadi, pemberian vaksin dapat menimbulkan efek samping pada sebagian kecil anak yang disebut sebagai KIPI (Kejadian Ikutan Pasca Imunisasi). Diantaranya:

* Sekitar 10% anak akan mengalami reaksi ringan setelah diiumunisasi, seperti demam ringan dan ruam kulit. Dalam jumlah persentasi yang kecil, anak dapat mengalami pilek, kejang demam atau memar di daerah yang telah disuntik.
* Jika gejala KIPI serius, orang tua harus membawa anak ke dokter untuk mendapatkan pengobatan.
* Orang tua harus diinformasikan pada saat imunisasi bahwa mungkin terjadi reaksi ringan setelahnya. Jadi, orang tua siap menghadapi reaksi tersebut.
* Bila demam dan nyeri, orang tua dapat memberikan parasetamol atau mengompres si kecil.
* Komite KIPI yang ada di tiap Puskesmas akan menangani dan menyelidiki setiap kasus serius yang terjadi.