Penyebab anak mengalami kesulitan makan sangat banyak. Semua gangguan fungsi organ tubuh dan penyakit bisa berupa adanya kelainan fisik maupun psikis, dapat dianggap sebagai penyebab kesulitan makan pada anak.

Kelainan fisik dapat berupa kelainan organ bawaan atau infeksi bawaan sejak lahir dan infeksi yang didapat pada usia anak.

Secara umum penyebab kesulitan pada anak dibedakan menjadi 3 faktor :
* Hilang nafsu makan.
* gangguan proses makan di mulut.
* Pengaruh psikologis.

Beberapa faktor tersebut dapat berdiri sendiri tetapi sering terjadi lebih dari satu faktor. Penyebab paling sering adalah hilangnya nafsu makan, diikuti gangguan proses makan. Sedangkan faktor psikologis yang dulu dianggap sebagai penyebab utama, sudah sangat jarang ditemui.

Gangguan nafsu makan merupakan penyebab utama gangguan kesulitan makan pada anak. Tampilan gangguan nafsu makan yang ringan dapat berupa :
* Susu tersisa dalam botol, waktu minum ASI berkurang (sebelumnya 20 menit menjadi 10 menit).
* Makan hanya sedikit.
* Mengeluarkan atau menyembur-nyemburkan makanan atau menahan makanan di mulut terlalu lama.

Sedangkan gangguan yang lebih berat tampak anak menutup rapat mulutnya, menepis suapan orang tua atau tidak mau makan dan minum sama sekali. Faktor inilah yang sering dianggap anak bosan terhadap makanan tertentu, padahal makanan baru pun akan mau sesaat, setelah itu esoknya tidak mau lagi.