Penyebab keguguran ada dua yakni kelainan yang berasal dari janin atau ibu sendiri. Bila berasal dari janin, biasanya karena faktor kelainan kromosom (pembawa sifat di dalam inti sel yang diturunkan dari ayah dan ibu kepada anaknya). Ini dapat berupa kelainan bentuk atau jumlahnya yang tak sesuai. Sedangkan kelainan yang berasal dari ibu umumnya diakibatkan karena kebiasaan merokok, mengonsumsi minuman beralkohol, minum obat-obatan yang dapat membahayakan kandungan, atau terkena pengaruh radiasi serta polusi. Bisa juga akibat kondisi rahim yang kurang baik atau akibat pengaruh kadar hormonal yang kurang baik pada si ibu. Perhatian lebih patut diberikan pada kejadian keguguran berulang. Keguguran berulang, tandas Kanadi, "Adalah keguguran sebanyak tiga kali atau lebih secara beruntun.'' Penyebab terbesar pada keguguran berulang, tambah dokter dari Bagian Obstetri dan Ginekologi Fakultas Kedokteran UI, adalah terjadinya kelainan pada sistem pembekuan darah atau sistem kekebalan tubuh ibu, dan selanjutnya secara berurutan adalah akibat gangguan hormonal, kelainan bentuk rahim, dan kelainan kromosom.