Seperti juga pada sebagian besar penyakit lain, diagnosis alergi makanan dimulai dengan riwayat penyakit dan pemeriksaan fisik yang teliti kemudian dilanjutkan dengan pemeriksaan laboratorium seperti yang tertera di bawah ini.
Riwayat penyakit
Catatan harian diet
Uji eliminasi dan provokasi
Uji kulit
IgE spesifik dengan RAST (Radio Allergy Sorbent Test)
Basofil Histamin Release Assay (BHR)
Intestinal Mast Cell Histamine Release (IMCHR)
Provokasi intra gastral melalui endoskopi
Double Blind-Blood Placebo Controlled Food Challenge (DBPCFE)
Biopsi usus setelah eliminasi alergen dan pemberian makanan
Yang paling sering dikerjakan adalah pemeriksaan no. 1 sampai 5.
Uji eliminasi dan provokasi dilakukan terhadap makanan tersangka yang didapat dari anamnesis, catatan harian diet penderita, uji kulit serta pemeriksaan IgE spesifik dengan RAST positif pemeriksaan ini ialah:
Seperti uji kulit , penderita harus bebas obat anti alergi/anti histamin minimal 3 hari
Semua makanan tersangka dihindari selama 2 minggu.
Dilakukan pencatatan pasien apakah gejala menghilang atau berkurang.
Bila gejala menghilang atau berkurang dilanjutkan dengan memberikan makanan tersangka satu persatu dengan jumlah paling sedikit 7 hari atau 2 jenis makanan yang berbeda dan dicatat gejala yang timbul.
Beberapa keadaan dapat menyulitkan diagnosis alergi makanan, misalnya adanya reaktivitas silang antara satu makanan dengan makanan yang lain. Walaupun tiap jenis makanan mempunyai protein yang berbeda, kadang kadang mempunyai epitop yang sama sehingga timbul reaktivitas silang, misalnya kacang tanah dengan kacang kedele.
Kadang kadang timbulnya reaksi alergi bukan terhadap bahan makanan yang bersangkutan, akan tetapi reaksi terhadap zat aditif atau zat lain yang terkandung dalam makanan tersebut. Misalnya seorang anak yang timbul gejala alergi setelah minum susu sapi, setelah diteliti ternyata susu tersebut mengandung penisilin (trace) yang diberikan pada sapi yang bersangkutan. Bila diagnosis alergi makanan ini meragukan, uji provokasi makanan dapat diulang.