Bila sudah dipastikan bayi alergi, khususnya alergi makanan, ada 3 tahapan penanganan alergi yang biasa dilakukan oleh dokter, yakni:
• Hindarkan alergen. Untuk memastikan jenis penyebab alergi, kemungkinan dokter akan melakukan tes alergi. Tes yang paling akurat namanya uji provokasi. Kadang-kadang dari cerita orang tua yang sangat sugestif, dokter bisa langsung meminta penghindaran.
• Dengan obat-obatan, tujuannya untuk menghilangkan gejala-gejala alergi yang muncul.
• Imunoterapi. Caranya dengan memberi ekstrak alergen secara bertahap dari sangat sedikit sampai mendekati jumlah yang biasa dihadapi di alam. Cara ini belum rutin dilakukan untuk alergi makanan.
Sejalan bertambahnya umur bayi dan perkembangan sistem pencernaannya, reaksi berlebihan dari sistem kekebalan tubuhnya terhadap zat-zat yang semula dianggap alergen, secara bertahap berkurang. Reaksi alergi pada anak akan mulai menghilang pada usia 2–3 tahun.