Secara umum, ada 3 tahap pencegahan terjadinya penyakit alergi yaitu pencegahan primer (sebelum terjadi sensitisasi), pencegahan sekunder (sudah terjadi sensitisasi tetapi belum terjadi penyakit alergi) serta pencegahan tersier (sudah terjadi penyakit alergi misalnya dermatitis, tetapi belum terjadi penyakit alergi lain misalnya asma). Pencegahan primer dilakukan dengan diet penghindaran makanan hiperalergenik sejak trimester kehamilan. Sayangnya pada pencegahan primer ini belum ada cara yang tepat untuk menilai keberhasilannya. Pencegahan sekunder dilakukan dengan penentuan dan penghindaran jenis makanan yang menyebabkan penyakit alergi. Pencegahan tersier biasanya ditambah dengan penggunaan obat seperti misalnya pemberian setirizin pada dermatitis atopik untuk mencegah terjadinya asma di kemudian hari.
Pemberian ASI ekslusif dilaporkan, dapat mencegah penyakit atopik serta alergi makanan. Akan tetapi para ahli alergi masih memperdebatkan efektifitasnya. Walaupun demikian sebagian besar peneliti berpendapat bahwa dengan melakukan penghindaran makanan alergen pada ibu hamil dan menyusui serta pada bayi usia dini dengan resiko tinggi terjadinya penyakit atopik, ternyata dapat bermanfaat mencegah terjadinya alergi makanan/penyakit atopik dikemudian hari. Pendekatan moderen secara nutrisi misalnya dengan pemberian fraksi peptida dari protein spesifik yang ditoleransi usus misalnya pemberian formula susu hipoalergenik atau penggunaan komponen spesifik makanan sehari-hari seperti asam lemak dan antioksidan untuk mencegah terjadinya sensitisasi pada anak yang mempunyai risiko alergi. Pemberian probiotik dapat diberikan sebagai imunomodulator untuk merangsang sel limfosit Th1 pada anak yang mempunyai bakat alergi.
